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不動産売却で住民税・国民健康保険は上がる?翌年の確認順

不動産を売っただけで全員の国民健康保険料が上がるわけではありません。売却代金ではなく取得費・譲渡費用・特別控除を反映した譲渡所得を出し、自分の医療保険と住所地ごとに、翌年度の住民税・保険料・軽減判定への影響を確認します。

まだしないこと

売却代金全額を所得にせず、3,000万円控除がすべての保険・扶養・給付へ同じように反映されると決めない

まずすべきこと
  1. 売主ごとの譲渡所得見込みを作る
  2. 自分と世帯員が加入する医療保険・年齢を確認する
  3. 住所地の住民税・国保等の窓口へ翌年度の試算を頼む

このページで決めること加入制度別の確認先を分け、翌年度の税・保険料等を手取りから確保できます。

不動産売却後の住民税と健康保険料の確認時期を整理する売主
公開日 2026年9月4日法令・制度確認日 2026年9月4日執筆・編集 住まいのよりみち編集部読了目安 9

土地や建物を売却したあと、「翌年の住民税や健康保険料が跳ね上がるのではないか」と不安に感じる方は少なくありません。

税金や保険料は、買主から受け取った売却代金(通帳に振り込まれた総額)そのものにかかるわけではありません。計算の基準になるのは、売却代金から経費を差し引いた「譲渡所得」、そこから特別控除を差し引いた「課税譲渡所得」、そして各種控除や軽減の判定に関わる「合計所得金額」です。

売却で利益が出なかった場合(譲渡損失が出た場合)は、譲渡所得に対する税金や保険料は発生しません。また、国税庁が案内するマイホーム売却の3,000万円特別控除(新しいタブで開きます)などを適用して課税譲渡所得が0円になった場合も、売却益そのものに対する住民税や国民健康保険料の所得割は、原則としてかかりません。国保の具体的な計算は、新座市の計算例(新しいタブで開きます)のように自治体の案内と照合してください。

ただし、特別控除を差し引く前の「合計所得金額」が増えることで、基礎控除の金額が減ったり、均等割の低所得者向け軽減から外れたりする例外があります。そのため、控除後の所得が0円だからといって、すべての制度で影響がまったくないとは言い切れません。

また、ご自身が加入している公的医療保険の制度によっても、影響の出方は大きく分かれます。自営業の方や退職した方が加入する国民健康保険、75歳以上の方が加入する後期高齢者医療制度では、所得に応じて保険料や窓口負担割合が高くなる可能性があります。一方で、会社員や公務員本人が加入する職場の健康保険(協会けんぽや健康保険組合)は、毎月の給与や賞与を基準に計算します。そのため、個人の不動産売却益によって本人の保険料が上がることは原則としてありません。

売却代金を使ってしまう前に、どの制度にどのような順番で影響が出るのか、確認手順を整理します。

売却代金と譲渡所得を区別して手取りを把握する

税額や保険料の計算で最も多い誤解は、「3,000万円で不動産を売ったから、3,000万円に対して税金がかかる」と思い込んでしまうことです。

税法上で課税の対象となるのは、売却代金(収入金額)から取得費と譲渡費用を差し引いた「譲渡所得」です。

  • 収入金額(売却代金):買主から受け取った固定資産税の精算金などを含む売却金額
  • 取得費:売却した土地や建物を過去に購入・取得したときの代金や購入手数料(建物については、取得してからの所有期間、建物の構造、居住用などの用途に応じた減価償却費を差し引きます)
  • 譲渡費用:今回の売却のために直接支払った仲介手数料、測量費、解体費用、売買契約書の印紙税など
譲渡所得 = 収入金額 -(取得費 + 譲渡費用)

建物の取得費を計算する際の減価償却費は、建物の築年数だけで一律に決まるものではありません。ご自身が取得してからの所有期間や、木造・鉄筋コンクリートといった建物の構造、居住用(非業務用)か事業用かといった用途区分に応じた償却率を用いて計算します。

この計算結果がマイナス(譲渡損失)であれば譲渡所得は発生せず、不動産を売却したことを理由に住民税や国民健康保険料が上がることはありません。

さらに、マイホーム(居住用財産)の売却や、相続した空き家の売却では、要件を満たして確定申告を行うことで、最高3,000万円を控除できる特例があります。適用要件は、国税庁のマイホーム特例(新しいタブで開きます)相続空き家特例(新しいタブで開きます)で別々に確認してください。

課税譲渡所得金額 = 譲渡所得 - 特別控除額

特別控除を差し引いた結果、課税譲渡所得金額が0円になれば、売却益に対する所得税や住民税は課税されません。詳しい要件や計算方法は、国税庁「土地や建物を売ったとき」(新しいタブで開きます) を確認してください。

ただし、特別控除を差し引いたあとの「課税譲渡所得金額」と、差し引く前の「譲渡所得(合計所得金額)」は、税務上で明確に区別されます。所得税や住民税の税額を計算するときは、控除後の0円が基準となります。一方で、後ほど説明する国民健康保険の均等割軽減や税法上の扶養判定などでは、特別控除を差し引く前の所得が基準となります。そのため、制度ごとにどちらの所得を使うのかを確認しておく必要があります。

申告分離課税の税率と確定申告の手続き

不動産の譲渡所得は、他の所得と分離して税率を適用する「申告分離課税」で計算します。給与所得や事業所得と合算して税率を掛ける総合課税の対象ではありません。

税率は、売却した不動産の所有期間(売却した年の1月1日時点での所有期間)によって二つに分かれます。国税庁の長期譲渡所得(新しいタブで開きます)短期譲渡所得(新しいタブで開きます)の説明を基準に判定します。

表:区分、所有期間の判定、所得税率(復興特別所得税含む)、住民税率、合計税率
区分所有期間の判定所得税率(復興特別所得税含む)住民税率合計税率
長期譲渡所得売却した年の1月1日時点で5年超15.315%(所得税15%+復興0.315%)5%20.315%
短期譲渡所得売却した年の1月1日時点で5年以下30.63%(所得税30%+復興0.63%)9%39.63%

相続で取得した不動産の場合は、亡くなった方(被相続人)が所有していた期間を引き継いで判定します。

確定申告の手続きと住民税通知までの流れ

不動産を売却した翌年の確定申告期間に、管轄の税務署へ所得税の確定申告書を提出します。受付日や納付期限は休日などで変わるため、対象年の国税庁「確定申告」案内(新しいタブで開きます)で確認してください。3,000万円特別控除などの特例を利用して税額が0円になる場合でも、特例の適用を受けるためには原則として確定申告が必要です。

確定申告を行うと、税務署からお住まいの市区町村へ申告データが送られます。市区町村はそのデータをもとに翌年度の住民税額を計算し、5月から6月頃に納税通知書を送付します。納付時期や通知の流れは、札幌市の市税冊子 「市民税・道民税のあらまし(土地・建物を売ったときの住民税)」(新しいタブで開きます) などの自治体資料で案内されています。

なお、確定申告の期限を過ぎてしまった場合でも、特例の種類や個別の事情によっては、期限後の申告でも適用が認められる余地があります。期限を過ぎたからとあきらめてしまわずに、速やかに所轄の税務署へ相談してください。

加入制度で分かれる医療保険への影響

不動産売却による譲渡所得が健康保険料に影響するかどうかは、売主が加入している公的医療保険の制度によって分かれます。制度の区分は、厚生労働省の医療保険案内(新しいタブで開きます)を確認したうえで、次の表を目安にしてください。

表:加入制度、対象者の例、不動産売却による保険料等への影響
加入制度対象者の例不動産売却による保険料等への影響
職場の健康保険会社員、公務員(協会けんぽ、健康保険組合、共済組合)本人の保険料は原則として上がらない(翌年度に退職・国保加入予定がある場合は要試算)
国民健康保険自営業、フリーランス、農業、無職、年金受給者(75歳未満)課税譲渡所得が発生すると翌年度の保険料(所得割)が増額する可能性がある(上限や控除の状況による)
後期高齢者医療制度75歳以上の方(一定の障害がある場合は65歳以上)翌年度の保険料(所得割)が増額したり、窓口負担割合が上がったりする可能性がある

各公的医療保険の具体的な仕組みと注意点を整理します。

会社員・公務員の健康保険:本人の保険料は原則として上がらない

会社員や公務員が加入する健康保険組合や協会けんぽの保険料は、勤務先から支給される毎月の給与(標準報酬月額)と賞与(標準賞与額)をもとに計算されます。

不動産の売却代金や譲渡所得は給与所得ではないため、加入している本人(被保険者)が不動産を売却して高額な利益を得たとしても、本人の健康保険料が上がることは原則としてありません。

ただし、不動産を売却したあとに退職して国民健康保険へ切り替える予定がある方や、売却の翌年に75歳を迎えて後期高齢者医療制度へ移る方は注意が必要です。売却した年の所得情報が翌年度の新たな加入先へ引き継がれ、新しい制度の保険料計算に反映されるためです。事前に翌年度の制度窓口で試算しておきましょう。

後期高齢者医療制度:窓口負担割合の引き上げ基準を確認する

75歳以上の方が加入する後期高齢者医療制度でも、前年の所得をもとに保険料の所得割が計算されるため、課税譲渡所得が生じると翌年度の保険料が増額する可能性があります。

さらに注意が必要なのは、医療機関の窓口で支払う自己負担割合(1割・2割・3割)への影響です。窓口負担割合は、同じ世帯の後期高齢者の住民税課税所得や年金収入、その他の合計所得金額などをもとに判定されます。不動産売却によって課税所得や合計所得金額が一定の基準を超えると、翌年8月から1年間の窓口負担が1割から2割、あるいは3割(現役並み所得者)へ引き上げられる場合があります。判定の基準額や世帯合算の取扱いは、各都道府県の後期高齢者医療広域連合の窓口で確認してください。

国民健康保険料の算定区分と特別控除・軽減への影響

国民健康保険料(税)の計算式や料率は、市区町村の条例によって地域ごとに定められています。

2026年度以降、国民健康保険料の計算区分には「子ども・子育て支援金分」が加わり、主に次の4つの区分で構成されます。

  1. 医療給付費分(加入者全員)
  2. 後期高齢者支援金分(加入者全員)
  3. 子ども・子育て支援金分(加入者全員・2026年度より新設)
  4. 介護納付金分(40歳以上64歳以下の加入者のみ)

これら4つの区分ごとに、「所得割額」と「均等割額」(自治体によっては世帯ごとの平等割や資産割)を計算して合算します。区分の詳細は、神栖市「保険税の計算方法」(新しいタブで開きます) などの自治体広報で確認できます。

新座市の国民健康保険税の計算例(新しいタブで開きます)にあるように、所得割は前年所得から基礎控除を差し引いた算定基礎額をもとに計算します。申告分離課税による譲渡所得も計算対象に含まれるため、課税譲渡所得が発生した翌年度は国民健康保険料が増額する可能性があります。控除額や料率は年度・自治体で異なるため、住所地の案内で確認してください。

不動産を売却した年の所得は、原則として翌年度の保険料計算へ反映されます。自治体の公表資料に記載された料率や税額はその年度のものなので、実際に負担する年度の料率と限度額を住所地の窓口で確認してください。新座市の計算例(新しいタブで開きます)も、年度を限定した例として読む必要があります。

3,000万円特別控除の適用時:所得割と基礎控除への影響

マイホーム売却などで3,000万円特別控除を適用した場合、国民健康保険料の所得割の計算においては、原則として特別控除を差し引いたあとの「課税譲渡所得金額」が基準になります。具体的な算入方法は、新座市の計算例(新しいタブで開きます)と住所地の条例を照合してください。

確定申告で3,000万円特別控除を適用し、課税譲渡所得金額が0円となった場合は、譲渡所得に対する国民健康保険料の所得割は増額しません。

具体例として、新座市「自宅を売却した譲渡所得がある場合の国民健康保険税」(新しいタブで開きます) の試算事例があります。この事例では、3,000万円特別控除を差し引いたあとも譲渡所得が350万円残り、自営業の営業所得200万円と合算して国民健康保険税が計算されています。

ただし、課税譲渡所得が0円になった場合でも、給与所得や事業所得などの他の所得がある方は注意が必要です。国保の所得割計算で差し引く基礎控除額(通常43万円)は、特別控除を差し引く「前」の合計所得金額が2,400万円を超えると段階的に縮小し、2,500万円を超えると0円になります。そのため、譲渡所得の発生によって合計所得金額が2,400万円を超えた場合、基礎控除が減った分だけ、他の事業所得などに対する所得割が増加する可能性があります。

均等割の低所得者軽減判定:特別控除前の所得で判定される注意点

世帯の所得が一定基準以下の場合に均等割額(および平等割額)を7割・5割・2割減額する「法定低所得者軽減」の判定には注意が必要です。

地方税法の規定により、国民健康保険の法定軽減を判定する際の総所得金額等では、土地建物の譲渡所得について「特別控除前」の金額を用いて世帯所得を合算します。

そのため、特別控除を適用して所得税や住民税、国保の所得割が非課税になった世帯でも油断はできません。特別控除前の譲渡所得が世帯の合算基準額を超えると、前年まで受けていた均等割の法定軽減から外れて、均等割額の自己負担が増える場合があります。実際に軽減対象から外れるかどうかは、世帯全体の所得状況や世帯主・加入者の人数、給与所得者等の数によって決まります。自治体独自の減免制度や所得割の計算とは基準が異なるため、窓口での個別確認が欠かせません。

保険料の賦課限度額:区分ごとの上限により負担増には歯止めがある

国民健康保険料には、年間の支払い上限となる「賦課限度額」が区分ごとに設定されています。

算定区分ごとに賦課限度額があり、譲渡所得が高額でも保険料が無制限に増える仕組みではありません。すでに他の所得によって世帯の保険料が上限に達している場合は、譲渡所得が加わっても年間保険料が増えないことがあります。区分、具体的な限度額、適用年度は、国民健康保険法施行令(新しいタブで開きます)と住所地の条例で確認してください。

介護保険・税扶養・健康保険被扶養者への波及影響

不動産売却による譲渡所得は、国民健康保険だけでなく、他の社会保障制度や世帯親族の税負担にも影響を及ぼします。厚生労働省の介護保険制度案内(新しいタブで開きます)も参照し、各制度で判定に用いられる所得の定義を切り分けて確認しましょう。

65歳以上の介護保険料:特別控除後の所得段階で算定される

市区町村ごとに、本人および世帯員の住民税課税状況や、本人の合計所得金額に応じて所得段階別に年額の保険料が決定されます。

介護保険法施行令(新しいタブで開きます)では、保険料算定に用いる所得について土地建物の譲渡所得に係る特別控除を反映する取扱いが定められています。控除後も譲渡所得が残る場合は、所得段階が上がって翌年度の介護保険料が増える可能性があります。介護サービス利用時の自己負担割合も別の要件で判定されるため、対象年度の基準を市区町村の介護保険窓口で確認してください。

税法上の扶養控除・配偶者控除:特別控除前の合計所得金額で判定する

納税者の配偶者や親族が不動産を売却して譲渡所得を得た場合、その配偶者や親族の「合計所得金額」が一定の基準を超えると、納税者本人の所得計算において配偶者控除や扶養控除の対象から外れます。

税法上の判定に用いられる合計所得金額は、特別控除を差し引く前の金額で判定されます。また、扶養親族の所得要件は改正されることがあるため、対象年分の国税庁「扶養控除」(新しいタブで開きます)「配偶者控除」(新しいタブで開きます)で確認してください。

  • 2024年分以前:合計所得金額48万円以下
  • 2025年分:合計所得金額58万円以下
  • 2026年分以降:合計所得金額62万円以下(2026年12月1日施行・施行前の適用関係に注意)

扶養控除の適用を受ける納税者は世帯主に限らず、共働き夫婦や同居親族など控除を申告している納税者本人です。また、住民税における扶養控除の所得要件や非課税基準は所得税と異なる場合があるため、対応年度の自治体基準を確認する必要があります。

健康保険の被扶養者認定:一時的な譲渡益の扱いは健保組合ごとに分かれる

会社員や公務員の扶養に入っている配偶者や親が不動産を売却した場合、健康保険の被扶養者(扶養に入っている家族)の資格を満たしているかどうかの確認が行われることがあります。

健康保険の被扶養者認定には年間収入要件がありますが、一時的な不動産の譲渡所得を算定対象に含めるかは加入先の規約や判断によって分かれます。厚生労働省の医療保険案内(新しいタブで開きます)を入口にしつつ、金額基準と資産売却益の扱いは、必ず勤務先の健康保険組合や共済組合へ確認してください。

高額療養費・各種医療費助成:所得区分の判定への影響

医療費が高額になった際の「高額療養費制度」の自己負担限度額区分や、自治体の医療費助成(ひとり親家庭、重度心身障害者など)の所得制限に影響する場合があります。前年の所得判定に基づいて負担区分が見直されるため、医療費助成を受けている世帯は窓口での確認が必要です。

公共用地買収による収用等特例:通常の売却との違い

道路拡幅などの公共事業に伴って土地建物を売却した場合は、通常の売却とは異なり「収用等の5,000万円特別控除」などの特例が適用されます。

公共用地買収に伴う土地代金が税や保険料に与える影響については、通常の売却と取扱いが異なる場合があります。具体的な取扱いは、姫路市「土地代金等と税・保険料への影響」(新しいタブで開きます)(公共用地買収に伴うFAQ)などの個別資料を確認してください。

納付時期と資金管理のカレンダー

不動産を売却してから税金や保険料を納める時期は、売却の翌年に集中します。確定申告は国税庁の最新案内(新しいタブで開きます)、保険料通知は住所地の自治体で日程を確認してください。

表:時期、手続き・納付内容、納付先、備考・自治体差
時期手続き・納付内容納付先備考・自治体差
売却した年売買契約・決済・引渡し(売却代金の受取)買主・仲介業者諸経費の領収書や契約書を保管しておく
翌年の確定申告期間所得税の確定申告・納付税務署受付日、納付日、振替日は国税庁の対象年案内で確認する
翌年度の自治体所定時期住民税の納税通知書が届く市区町村納期や給与天引きの開始時期は自治体へ確認する
翌年度の自治体所定時期国保料・介護保険料・後期高齢者医療保険料の決定通知書が届く市区町村通知時期や分割回数は各自治体の条例で異なる
広域連合の所定時期後期高齢者医療制度の窓口負担割合が見直される医療機関窓口前年所得に基づく切替時期を広域連合へ確認する

売却代金を受け取ってから住民税や保険料の通知が届くまでには、半年から1年以上のタイムラグがあります。売却代金を借入金の返済や買い物で使い切ってしまい、翌年届いた高額な通知書を見て納税資金が不足する事態を防ぐため、試算した税額と保険料相当額は専用口座に残しておく必要があります。

相談窓口と確認すべき質問・持参書類

手元に残る資金を正しく把握するため、売却前または売却後速やかに以下の窓口で試算と要件確認を行ってください。

市区町村の担当窓口(課税課・国保年金課・介護保険課)

住所地の市役所や区役所・町村役場では、譲渡所得の見込み額をもとに住民税や保険料を試算できる場合があります。新座市の国保計算例(新しいタブで開きます)のような公開例も持参し、住所地のルールで確認してください。

  • 持参する書類:不動産の売買契約書、取得費がわかる当時の売買契約書や領収書、譲渡経費(仲介手数料や解体費など)の領収書、直近の確定申告書控えまたは住民税決定通知書
  • 窓口で質問すること:
  • 「不動産の譲渡所得(または特例適用後の課税譲渡所得)が〇〇万円出た場合、翌年度の住民税と国民健康保険料(所得割)はいくら増えるか」
  • 「3,000万円特別控除を適用した場合、国保の所得割と均等割の法定軽減判定はそれぞれどのように扱われるか」
  • 「世帯の年間保険料が賦課限度額(上限額)に達するか」
  • 「売却後に退職して国保へ加入する場合(または75歳を迎える場合)、保険料の試算額はどうなるか」

勤務先の人事労務・健康保険組合(扶養親族が売却する場合)

家族の扶養に入っている配偶者や親が不動産を売却する場合、被扶養者資格から外れるかどうかを確認します。

  • 確認先:勤務先の人事労務担当窓口、または加入している健康保険組合・共済組合
  • 質問すること:厚生労働省の医療保険案内(新しいタブで開きます)も確認し、「被扶養者が不動産を売却して一時的な譲渡益を得た場合、健康保険の被扶養者認定で収入として扱うか。今回の年齢・状況に適用される金額基準はいくらか」と尋ねます。

管轄の税務署・税理士

国税庁の3,000万円特別控除(新しいタブで開きます)などの特例要件を満たすか、また取得費が不明な場合に概算取得費(新しいタブで開きます)を使うかについて確認します。

  • 質問すること:「今回の物件と売却時期で、利用できる特別控除の要件を満たしているか」「申告に必要な添付書類(登記事項証明書、除票住民票など)は何があるか」「申告期限を過ぎた場合の適用関係はどうなるか」

翌年度の通知まで納税・保険料の資金を確実に確保する

不動産売却に伴う住民税や健康保険料の算定では、通帳に振り込まれた売却代金そのものではなく、経費控除後の「譲渡所得」や特例控除後の「課税譲渡所得」、各種判定に関わる「合計所得金額」が基準となります。

会社員本人の健康保険料は原則として給与・賞与を基準にしますが、国民健康保険や後期高齢者医療制度では翌年度の負担が増える可能性があります。また、特別控除を適用して課税譲渡所得が0円になっても、国保の均等割軽減や税法上の扶養では別の所得基準を使う場合があります。国税庁の扶養控除案内(新しいタブで開きます)と住所地の国保窓口の両方で確認してください。

売却代金が入金されたらすぐに使い切らず、翌年度の通知書が届いてすべての納付が完了するまで、税金・保険料用の資金を口座へ確保しておきましょう。

参照資料

国税庁「土地や建物を売ったとき」参照日 2026年9月4日札幌市「土地・建物を売ったときの住民税」参照日 2026年9月4日神栖市「保険税の計算方法」参照日 2026年9月4日新座市「自宅を売却した譲渡所得がある場合の国民健康保険税」参照日 2026年9月4日姫路市「土地代金等と税・保険料への影響」参照日 2026年9月4日